Per una migliore crescita e qualità del pesce allevato, le materie prime usate per la produzione dei mangimi, sono scelte con particolare attenzione in funzione della loro digeribilità e dell'ecocompatibilità complessiva dell'attività di acquacultura.

I mangimi utilizzati per l'alimentazione di pesce sono composti principalmente di farina di pesce e olio di pesce, in percentuali che variano dal 50% fino a 80%. L'impiego di tali materie è determinante per l'ottenimento di un mangimi di elevata qualità perché non si tratta di sottoprodotti ma di derivati da pesce fresco di basso pregio commerciale.

Vengono poi utilizzate materie prime protette di origine vegetale, costituite in gran parte da farine di soia. Inoltre, come leganti, vengono utilizzati amidi derivanti dal frumento. Per quanto concerne le proteine di origine animale, ed in particolare le farine di carne, non sono ormai da tempo utilizzate nella formulazione di mangimi per pesci.

Le autorità sanitarie competenti (ASL) - visto il modesto numero di impianti di acquacoltura presenti in Italia (circa un migliaio) - effettuano costanti controlli su tutti gli impianti di loro competenza territoriale, con prelievi non solo sul prodotto ma anche sui mangimi, riducendo al minimo rischi di natura igienico sanitaria del consumatore.

Del resto gli stessi operatori del comparto sono perfettamente consapevoli dei gravissimi danni che potrebbero derivare al settore qualora emergessero situazioni di irregolari.