La salatura viene fatta sia a secco che, più spesso, in salamoia. Segue poi la fase di maturazione effettuata in appositi locali e per tempi abbastanza brevi (dai 20 ai 60 giorni). Decisamente più lungo è invece il periodo di stagionatura del Pecorino sardo maturo che, nelle forme usate da grattugia, arriva anche a 12 mesi. Le altre fasi di lavorazione dello stagionato - salvo alcuni particolari relativi alle dimensioni con cui viene rotta la cagliata dopo la coagulazione - seguono la falsariga di quanto esposto per il tipo dolce.
Le forme dello stagionato hanno un peso superiore e possono arrivare a 4 chili. La crosta, che nei primi mesi di stagionatura è di colore paglierino tenue, col tempo diviene più spessa e assume un tipico colore bruno. La consistenza della pasta, tenera ed elastica nelle forme più giovani, subisce nell'invecchiamento un notevole aumento di consistenza. Anche il sapore, ancora dolce e aromatico per le forme maturate fino a tre mesi, diviene leggermente piccante e caratteristico per i formaggi con più di otto mesi di stagionatura. Sempre per il tipo maturo è inoltre prevista la possibilità di affumicatura delle forme, che acquistano così un sapore ancora più caratteristico e definito.