Per una migliore composizione corporea del pesce allevato, le materie prime, per la formulazione dei mangimi, sono scelte con particolare attenzione alla loro digeribilità e all'ecocompatibilità complessiva dell'attività di acquacoltura.
I mangimi utilizzati per la produzione di pesce sono composti principalmente da farina di pesce e olio di pesce, in percentuali che variano dal 50 fino all'80%.
Tali materie prime non sono sottoprodotti, ma derivano da pesce fresco di basso pregio commerciale, costituendo quindi un prodotto di elevata qualità.Vengono poi utilizzate delle materie prime proteiche di origine vegetale, costituite per la quasi totalità da farine di soia. Inoltre, come leganti, vengono utilizzati amidi derivanti dal frumento. Per quanto concerne le proteine di origine animale, ed in particolare le farine di carne, non sono ormai da tempo utilizzate nella formulazione di mangimi per pesci. Le autorità sanitarie competenti (ASL) - visto il modesto numero degli impianti di acquacoltura presenti in Italia (poco più di un migliaio) - possono effettuare costanti controlli su tutti gli impianti di loro competenza territoriale, con prelievi non solo sul prodotto ma anche sui mangimi, riducendo al minimo il rischio di eventuali comportamenti illeciti.
Del resto gli stessi operatori del comparto sono perfettamente consapevoli dei gravissimi danni che potrebbero derivare al settore qualora emergessero situazioni di irregolarità. Oggi l'acquacoltura italiana ha raggiunto standard elevati, sia negli impianti a terra per la produzione di pesci d'acqua dolce (trote, anguille, carpe, pesci gatto, storioni, ecc.) e marina (spigole, orate, saraghi, gamberoni, cefali, ricciole, ecc.) sia negli impianti in mare aperto per i molluschi bivalvi.
L'allevamento di pesci in gabbie galleggianti in mare aperto risulta, invece,ancora in fase di sviluppo.